Gromadząc odpowiedni zestaw modeli, można w ten sposób modelować wszystkie złożone i względnie uporządkowane systemy pojęciowe w tym także teorie chemiczne . Inną właściwością modeli teoretycznych jest zdolność do pobudzania wyobraźni człowieka. Modele nadają pojęciom (jako elementom) oraz teoriom (jako strukturom) przede wszystkim sens wyobrażeniowy. Wyobraźnia kształtuje się zwłaszcza przy zachowaniu odpowiednich wielkości modeli, ich rozmieszczeniu oraz barwie. Stronę wyobrażeniową należy przede wszystkim wiązać należy przede wszystkim wiązać z substancjalnością modeli. Modele wykonane z jakiegoś tworzywa oddziaływującego na nasze zmysły - to tyle, co modele substancjalne . Nader interesująco przedstawiają się niektóre zależności między modelem a rzeczywistością. Układem wyjściowym w formułowaniu bardzo wielu twierdzeń teoretycznych są operacje na modelach, które zastępują niejako rolę faktów empirycznych. Chodzi tu bowiem o zbudowanie dostępnych zmysłowo faktów modelowych w miejsce obiektów, które ze względu na niezwykle małe wymiary nie są zmysłowo dostrzegalne. Inaczej mówiąc – tym samym, czym jest fakt doświadczalny w procesie tworzenia praw empirycznych, bywa fakt modelowy w formułowaniu praw teoretycznych. Organizując proces dydaktyczny musimy zatem do zbudowania takich modeli, by dostarczyły uczniom jak najwięcej faktów modelowych w procesie rozbudowy każdej poznawanej teorii chemicznej. Nie jest to jeszcze wszystko, czego oczekujemy od modeli w poznawaniu wewnętrznej organizacji materii. Zestaw magnesów do konstruowania igły magnetycznej i wykonywania doświadczeń z magnetyzmu.